Red, Green & Blue (Volume 1-3)
A primeira temporada conta a história de Red, um garoto de Pallet Town que, ao ser derrotado por Mew, decide pedir ajuda ao Prof. Carvalho. Este o entrega um Bulbasaur e o manda em uma viagem através do continente de Kanto para completar a Pokédex, uma enciclopédia eletrônica de Pokémon.
No caminho, ele enfrenta Green, o neto de Carvalho, arrogante, metido e determinado a capturar qualquer Pokémon existente que possuía um Charmanderdado pelo Prof.Carvalho. Quando os dois se tornam rivais, começa uma corrida para ver quem consegue as oito insígnias de Kanto primeiro.Junto com a jornada, Red descobre os planos da maléfica Equipe Rocket, captura seus Pokémon e também é trapaceado por uma garota chamada Blue que havia roubado oSquirtle do Prof. Carvalho.
Yellow (Volume 4-7)
Yellow, nove anos, chega em Pallet, cidade de Red, para receber uma missão do professor Carvalho: procurar e achar Red, que desapareceu misteriosamente. Ela recebe o Pikachu de Red, Pika e sai em busca do campeão da Liga.Ao desenrolar da história, Yellow descobre um complô contra Red na Liga Pokémon, envolvendo os quatro líderes da Elite dos Quatro, a Equipe Rocket e três líderes de Ginásio deKanto. Lorelei, Bruno, Agatha e Lance estão controlados e querem dominar Kanto, provavelmente controlados pelo Máscara de Gelo, que é perceptível ao fim da temporada. Mas ainda há uma revelação: Sabrina, Tenente Surge e Koga são da Equipe Rocket e Blaine é um de seus formadores. Giovanni, líder, diz que a Equipe Rocket deve sumir por um tempo.
Yellow (que na verdade é uma garota) encontra Red e derrota os quatro líderes da Elite dos Quatro. Red, que foi raptado por um misterioso pássaro, informa isso para Blue que informa Silver o qual tem a notícia de que esse pássaro foi para Jotho.
Gold, Silver & Crystal (Volume 8-15)
Gold, Silver e Crystal são três crianças que vão em Johto, parar com a dominação da Neo Team Rocket, uma disceminação da Equipe Rocket liderada pelo Máscara de Gelo.
Ao longo do enredo, os três descobrem que o Máscara de Gelo quer dominar o mundo usando Ho-oh, Lugia e Celebi, três Pokémon lendários. Os três amigos derrotam o Máscara de Gelo e salvam o mundo de um perigo iminente.O fim da série é curioso: o Professor Carvalho acorda tarde e vê Cris (Crystal) em seu laboratório. Ela mostra sua Pokédex a ele e vê que ela a completou: 251 Pokémon vistos, 251 Pokémon adquiridos (pelo menos por um tempo). Ele fica sem jeito de contar a ela que há mais 135 novos Pokémon descobertos em um continente distante, ele resolve deixar para depois e parte atrasado paraGoldenrod City, onde na rádio começa seu programa assim como nos jogos:
"Hi there! Welcome to the world of Pokémon! My name is Oak. People usually call me Prof Oak. In my world, Pocket Monsters, better known as Pokémon can be seen anywhere and everywhere! But it does not mean that I know everything there is to the Pokémon world. There are still plenty of secrets yet to be explored! Have been reserarching on them, so as to uncover more about their secrets!"
O diretor da rádio diz então que há um garoto esperando pelo Professor e que ele quer uma Pokédex para poder se tornar um treinador Pokémon. Carvalho entrega a ele uma Pokédex e diz: "Então... Por que você não me diz o seu nome?!"
Ruby & Sapphire (Volume 15-22)
A mais empolgante temporada coloca uma pitada de romance na história. Ela conta a história de dois jovens treinadores: Ruby, um garoto que vem de Johto e chega em Hoenn no dia de seu aniversário, 2 de Julho e Sapphire, uma garota meio estranha, mas com uma grande ambição de se tornar a mais jovem vencedora de uma Liga Pokémon, antes dos 11 anos, batendo Red, de Kanto.Quando Ruby chega em Hoenn e logo de cara vê o professor Birch, o especialista Pokémon do continente, em apuros por dois Mightyenas. Ele não sabe o que fazer, pois quer ver seus Pokémon nos concursos de beleza, não batalhando. Ruby foge junto com o Professor Birch, nesse instante Ruby ativa sem saber o running shoes que tinha ganhado do pai naquele dia, correndo em alta velocidade deixando o professor Birch atrás. Isso não impediu os Mightyena, que perseguiram Ruby até que caíram em um precipicio. Nesse instante, uma garota que segundo Ruby, "era parecida com o Tarzan" chega e salva a vida dele. Após os desentendimentos, descobre que a garota se chamava Sapphire e é a filha do professor Birch. Ela então desafia Ruby para um Duelo de quem consegue terminar mais rápido o desafio, sendo que Ruby terá que vencer todos os torneios de beleza Pokemon e Sapphire vencer todos os líderes de ginásio, ambos em menos de 80 dias. No final da série é revelado que os 80 dias na verdade é o número de dias que faltava para o aniversário de Sapphire.
Sapphire vai ganhando insígnias enquanto Ruby vai ganhando torneios. Ao mesmo tempo, eles devem deter as Equipes Aqua e Magma de conseguir os lendários Groudon e Kyogre.
E no duelo final Ruby ganha dos Lideres das equipes Magma e Aqua com seu último e mais poderoso pokemon: Celebi, que volta no tempo e faz tudo de volta ao normal.
A série acaba com Ruby de mãos dadas com Sapphire.
FireRed & LeafGreen (Volume 22-26)
A temporada começa com uma retrospectiva de 9 anos. Nela, Blue é sequestrada pelo Máscara de Gelo e o episódio conta como ela conseguiu escapar.Cinco anos após o incidente com os Rockets, Red, Blue, Green e Yellow estão de volta, junto com Silver, para combatê-los novamente. Giovanni reaparece com um plano maligno, que fará com que o mundo trema só de vê-lo. Red e seus amigos partem em busca de respostas para esse plano e como impedí-lo. Infelizmente, Giovanni consegue executar a primeira parte do seu plano: se aliar a Deoxys para utilizar seus poderes psíquicos para localizar seu filho desaparecido há muito tempo. No decorrer da história Red e seus amigos acabam ficando no caminho de Giovanni, o que leva há vários combates contra os Rockets. Mais tarde, para derrotar Giovanni e Deoxys, Red se une aMewtwo, o Pokémon criado pelos Rockets que se rebelou.
A série vai se adiantando e a trama se torna cada vez mais complexa, com uma rebelião de Deoxys, que começa a agir sozinho, e a aceitação de Silver tendo Giovanni como pai. Ao fim da história, Deoxys consegue se libertar do controle de Giovanni e vai embora, Red e os outros finalmente acham que tudo acabou, mas de repente, uma das Rockets sobreviventes, Sird, surge dos escombros e tenta recapturar Deoxys com uma Pokébola, Mewtwo entra na frente e acaba sendo capturado em seu lugar. A série termina com Bill sendo informado pelo telefone de que Red, Green, Blue, Yellow e Silver foram engolidos por uma misteriosa luz e se tornaram estátuas de pedra.
Emerald (Volume 26-29)
Nesta temporada o Prof. Carvalho junto com Crystal envia um garoto (Emerald) para uma ilha: a Battle Frontier. O Prof. Carvalho diz que suas pesquisas comprovam que lá é ondeJirachi está e por isso ele foi enviado para protegê-lo! Nisso, Emerald começa a fazer desafios na Battle Frontier com um Pokémon que muitos suspeitam não ser Rental (emprestado do Battle Factory), mas roubado do Battle Factory Brain Noland, que é acertado com algo em sua cabeça deixando os outros Cérebros da Fronteira ainda mas desconfiados de Emerald. Mas ele terá amigos para protegê-lo e ajudá-lo a proteger Jirachi.Mais tarde os personagens das séries anteriores Gold, Crystal, Ruby e Sapphire chegam na Battle Frontier com a missão de resgatar Jirachi e usar seus poderes para desejar que Red e os outros deixem de ser estátuas.
Diamond & Pearl (Volume 30-38)
Platinum Berlitz recebe uma missão do Prof. Rowan no Mt. Coronet de impedir a Equipe Galática de dominar o mundo e lhe entrega a sua pasta, com os três Pokémon iniciais. Mas por um erro, achando que sua jornada é um reality show, ela entrega o Turtwig e o Chimchar a dois jovens que não entendem nada de batalhas. Diamond recebe o Turtwig e Pearl o Chimchar. Agora, os três devem viajar por Sinnoh e impedir a Equipe Galática de acordar Dialga e Palkia.
Platinum (Volume 39-?)
Looker, um policial de investigação internacional, e Platinum Berlitz se juntam para ganhar todas os símbolos da Batalha da Fronteira e concluírem uma investigação sobre o Distortion World.
HeartGold & SoulSilver (Volume ?-?)
HeartGold e SoulSilver traz de volta ao mangá Gold, Silver e Crystal. Até agora as únicas informações são que Gold está a procura de Lance, que está desaparecido e Gold entra em uma batalha contra Arceus junto de Crystal e Silver.
Enquanto isso, Carr está tentando ressuscitar a Equipe Rocket e inaugura uma recente Safari Zone. Aparecem novos 4 executivos da Equipe Rocket - Proton, Petrel, Ariana e Archer e tomam o controle dela, dizendo que vão "permanecer fiéis as intenções de Giovanni". Petrel revela que Lance foi levado pelos generais em uma batalha. Todos os líderes de Johto fazem uma aparição neste mangá.Ao longo da história descobre-se que os 4 executivos estão em busca de Arceus e as Ruínas Sinjoh. Durante uma batalha contra Crystal, Ariana revela que cada um dos generais tem um trabalho diferente: Petrel de buscar as Placas de Arceus, Proton de encontrar as Ruínas Sinjoh e acaba não dizendo sobre ela e Archer. As mudanças de times foram que Silver não tem mais seu Ursaring, mas ganhou um Rhyperior de Blue, o Aipom de Gold já é um Ambipom e seu Togepi é um Togekiss.
Black & White (Volume 1-4)
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